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No hay evidencia de fusión de SARS-CoV-2 en el genoma humano

Los nuevos datos de investigadores dirigidos por Majid Kazimian de la Universidad de Purdue refutan las afirmaciones de estudios recientes que indican que el virus Corona 2 (SARS-CoV-2) puede crear un ARN huésped viral. Su equipo descubrió que el SARS-CoV-2 no se combina con el genoma humano.

El estudio “Los eventos fantasmas del virus huésped en las células infectadas con SARS-CoV-2 son raros y pragmáticos” está disponible como impresión preliminar en bioRxiv* Servidor, mientras que el artículo está sujeto a revisión por pares.

Baja probabilidad de eventos HVC

Dado el alto porcentaje de error asociado con la creación de la biblioteca de secuencias de ARN, los investigadores asumieron que los eventos de HVC eran poco probables.

Los investigadores volvieron a analizar tres conjuntos de datos de secuenciación de ARN de 57 pacientes con SARS-CoV-2 y 64 muestras de en el laboratorio Células infectadas con SARS-CoV-2.

Los resultados mostraron que el SARS-CoV-2 infectó aproximadamente del 20% al 70% de las células Calu-3 y A549-ACE2.

Luego buscaron cualquier caso combinado de genoma humano y viral, lo que indicaría un evento de HVC. Mientras que las células Calu-3 y A549-ACE2 mostraron los porcentajes de lectura simulada más altos, esto fue del 0,5 al 1% de todas las secuencias leídas.

Al observar si algunas áreas del genoma viral eran más propensas a fusionarse, el equipo descubrió que las lecturas fantasmas ocurrían con mayor frecuencia en el tercer extremo del genoma del SARS-CoV-2, donde se encuentra la proteína N viral.

También se observaron resultados similares al observar las secuencias de ARN del SARS-CoV-2, lo que indica que es poco probable una fusión entre los genomas vírico y humano.

Un experimento reciente implicó amplificar la secuencia de SARS-CoV-2 del ARN de células huésped infectadas. Si bien las secuencias virales enriquecidas deberían haber aumentado el número de eventos delirantes, no lo hicieron.

Esto indica que un evento quimérico está limitado por el número de fragmentos de ARN con la disponibilidad del término de 3 extremos.

Los investigadores escriben:

“Esto corresponde al modelo aleatorio en el que los eventos delirantes dependen de la disponibilidad del modelo de ARN, es decir, cuanto más fragmentos de ARN viral hay, mayor es la posibilidad de participar en los eventos delirantes”.

Se hizo una observación similar en células infectadas por virus recolectadas de pacientes con infección por COVID-19. Si bien ocurrió una baja probabilidad de eventos delirantes, se observó una relación entre el número de genes virales expresados ​​y el número de eventos placebo.

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El enriquecimiento experimental de fragmentos que contienen virus no enriquece los eventos de HVC.  (A) Vista esquemática del enriquecimiento de ARN viral de células huésped infectadas.  El ARN celular de las células infectadas consiste en ARN del hospedador, ARN viral y no supone una fusión de ARN entre el virus y el hospedador.  Se utilizó un conjunto de oligondas para el SARS-CoV2 en una serie de pasos de transcripción inversa, transcripción de laboratorio y amplificación por PCR para amplificar el ARN viral y las quimeras del huésped (1) o del huésped (2) del virus (ver Métodos).  (B) El virus lee en las bibliotecas indicadas de células Calu-3 infectadas con SARS-CoV2 como una proporción del total de lecturas mapeadas en el genoma del placebo.  (C) HVC lee en las bibliotecas indicadas de células Calu-3 infectadas con SARS-CoV2 como una proporción de las lecturas totales mapeadas en el genoma del SARS-CoV2.  (D) Distribución de características genómicas en la fracción humana de eventos de HVC detectados después de la fertilización de transcripciones que contienen virus.  * P <0.05 según la prueba de Wilcoxon.

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El enriquecimiento experimental de fragmentos que contienen virus no enriquece los eventos de HVC. (A) Vista esquemática del enriquecimiento de ARN viral de células huésped infectadas. El ARN celular de las células infectadas consiste en ARN del hospedador, ARN viral y supone que no hay fusión de ARN entre el virus y el hospedador. Se utilizó un conjunto de oligondas para SARS-CoV2 en una serie de pasos de transcripción inversa, transcripción in vitro y amplificación por PCR para amplificar el ARN viral y las quimeras del hospedador (1) o hospedador (2) del virus (ver Métodos). (B) El virus lee en las bibliotecas indicadas de células Calu-3 infectadas con SARS-CoV2 como una proporción del total de lecturas mapeadas en el genoma del placebo. (C) HVC lee en las bibliotecas indicadas de células Calu-3 infectadas con SARS-CoV2 como una proporción de las lecturas totales mapeadas en el genoma del SARS-CoV2. (D) Distribución de características genómicas en la fracción humana de eventos de HVC detectados después de la fertilización de transcripciones que contienen virus. * P <0.05 por prueba de Wilcoxon.

Los híbridos virales humanos no son reproducibles

Luego, los investigadores decidieron descartar los HVC como una característica común del ciclo de vida del virus SARS-CoV-2. El equipo leyó los datos de la secuencia de ARN de una serie de estudios independientes para encontrar evidencia de uniones de unión exón-exón en eventos de HVC que podrían transmitirse a otro.

Los resultados mostraron que no hubo ningún evento HVC reproducible en los conjuntos de datos.

Para confirmar sus hallazgos, observaron la proporción de lecturas únicas en un conjunto de datos de secuencia de ARN que cubría la unión HVC. Llegaron a la conclusión de que cuanto mayor era el número de lecturas, más probable era que la HVC fuera un solo evento.

De todos los eventos de HVC leídos, solo del 2 al 15% tenían lecturas que abarcaban su unión. “Esto contrasta claramente con el 90-95% y el 40-70% de los eventos vinculantes conocidos y originales, respectivamente, que tuvieron más de una lectura de apoyo”.

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Basándose en la baja probabilidad reproductiva, los autores concluyeron que los HVC probablemente no eran más que artefactos no biológicos.

Es posible que los artefactos fueran incorrectos durante la transcripción del ARN.

Cómo aparecieron los artefactos sigue siendo un misterio, pero los investigadores han planteado la hipótesis de que pueden haber sido generados por la enzima transcriptasa inversa, que está sujeta a error.

Para probar esto, compararon los genomas de la mosca de la fruta con el ARN dentado. Aproximadamente el 5% de las lecturas se atribuyeron al genoma de la mosca de la fruta. Luego mapearon el ARN que podría considerarse un híbrido entre el ARN humano y una mosca de la fruta.

“Dado que no había ninguna posibilidad real de eventos de fusión biológica entre el ARN del huésped y los ARN enriquecidos, consideramos cualquier lectura ficticia identificada como artificial”.

De hecho, aproximadamente el 1% del área trazada puede considerarse eventos ficticios. Esto es comparable a menos del 1% de los artefactos observados en células infectadas con SARS-CoV-2.

La amplificación del ARN viral no aumenta los eventos de HVC

Existía la posibilidad de que los investigadores no pudieran detectar eventos ficticios porque la cantidad de lecturas virales era baja. Para evitar este problema, el equipo desarrolló una técnica para mejorar la frecuencia del ARN viral con la idea de que también se debe mejorar el número de eventos de HVC.

Sin embargo, el número de eventos de HVC se mantuvo sin cambios con la probabilidad de que ocurran en menos del 0.05%.

Con base en la evidencia presentada, los autores sugieren fuertemente que cualquier señal de eventos de HVC de células infectadas con SARS-CoV-2 es muy probablemente trazas / ruido de secuencias de ARN.

*Nota IMPORTANTE

bioRxiv Publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, que dirigen la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud, ni deben tratarse como información estática.