Se encontró vida silvestre en Gran Bretaña libre de SARS-CoV-2, pero se descubrió un nuevo virus en armiños

Científicos del Reino Unido han llevado a cabo un examen a gran escala de virus sarcoideos y coronavirus en general en la vida silvestre británica para investigar la ocurrencia de contagios a gran escala. Han identificado un nuevo virus del armiño pequeño introducido recientemente en las Islas Orcadas.

El estudio está disponible actualmente en bioRxiv* Servidor de preimpresión.

Estudio: Sin detección de SARS-CoV-2 en la vida silvestre británica 2020-21 y primera descripción de Minacovirus (Mustella armenia). Crédito de la imagen: Stephen Morris/Shutterstock

*Nota IMPORTANTE: bioRxiv Publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, orientar la práctica clínica o el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información sólida.

fondo

Los coronavirus son un grupo diverso de virus de ARN envueltos que se encuentran en una amplia variedad de huéspedes vertebrados, incluidos humanos y perros domésticos. Entre los diferentes géneros, los coronavirus alfa y beta son los principales responsables de causar infección en mamíferos.

El coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), el patógeno que causa el coronavirus pandémico 2019 (COVID-19), es un virus beta que se cree que se transmitió a los humanos a través de los murciélagos de herradura (el huésped natural). virus sarcoide de betavirus) a través de un huésped esporádico, como un perro mapache o un pangolín malayo.

La transmisión de coronavirus entre especies está altamente asociada con los derrames repetidos de SARS-CoV-2 a nuevos huéspedes. Uno de los principales resultados de los eventos indirectos es la creación de nuevos reservorios virales. Se ha observado una mayor susceptibilidad a la transmisión del virus SARS-CoV-2 en muchos animales, incluidos visones, hurones y hámsteres.

Dadas estas predisposiciones, los científicos diseñaron este estudio para detectar la presencia de infección por coronavirus en animales salvajes que se encuentran en Gran Bretaña. Se sabe que los animales incluidos en el estudio tienen una mayor susceptibilidad a la infección por SARS-CoV-2.

diseño del estudio

El estudio se realizó en un total de 402 animales pertenecientes a 14 especies, principalmente mustélidos y roedores cricétidos. Las muestras orales, pulmonares, rectales o fecales recolectadas de animales durante la pandemia de COVID-19 se sometieron a la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar el ARN viral. En el estudio se realizaron PCR cuantitativa específica de sarbecovirus y PCR de coronavirus SARS-CoV-2.

Se realizó secuenciación de alto rendimiento y análisis del genoma de muestras positivas para virus para identificar cepas virales específicas. Además, se realizó un análisis filogenético para comprender las alteraciones genéticas presentes en las secuencias virales seleccionadas.

Notas importantes

No se detectó infección por Sarbecovirus en ninguna de las muestras recogidas. Sin embargo, la infección por coronavirus se detectó en el 57% de las muestras rectales recolectadas de armiños. Todos los armiños analizados en el estudio pertenecían a la misma población que se había introducido recientemente en las Islas Orkney.

La secuenciación genómica y el análisis genético de las secuencias de armiño identificadas revelaron que el nuevo virus es miembro del subgrupo de parvovirus del género Alphacoronavirus, que se agrupa estrechamente con los coronavirus de visón, visón y hurón.

La anotación del genoma y la organización de la secuencia revelaron un genoma modelo de un coronavirus alfa que contiene UTR de 3′ y 5′, un marco de lectura abierto grande (ORF1ab) que codifica 16 proteínas no estructurales y genes que codifican cuatro proteínas estructurales (punta, transmembrana, envoltura y proteínas de la nucleocápside).

Las proteínas accesorias que codifican los ORF mostraron una gran similitud con los ORF 3c y 7b del coronavirus felino. Dentro de estas regiones, se han identificado varios ORF potenciales más pequeños, que probablemente estén asociados con otras proteínas accesorias con homología con ORF3 o 7 de otros virus pequeños y tegacvirus.

Estudio de significación

El estudio identifica un nuevo parvovirus relacionado con los alfavirus del visón y las mangostas en la vida silvestre británica durante la pandemia de COVID-19. Sin embargo, no se encontraron rastros del SARS-CoV-2 de amplia circulación en estos animales salvajes. Además, el estudio incluye solo un tipo limitado de muestra para la mayoría de las especies animales analizadas. Por lo tanto, si la infección por SARS-CoV-2 se limita a unos pocos tejidos específicos, puede existir la posibilidad de que el estudio no haya detectado una circulación de bajo nivel del virus en los animales analizados.

Se ha observado una alta prevalencia de este nuevo virus en armiños recientemente introducidos en las Islas Orcadas. Se sabe que los coronavirus alfa de visón y hurón causan diversas enfermedades, como diarrea e inflamación sistémica similar a la peritonitis infecciosa felina causada por el coronavirus felino.

Como mencionan los científicos, se requieren estudios futuros para comprender la patogenicidad de este nuevo virus en los armiños. Por lo tanto, depositaron las secuencias de minacovirus ensambladas en la base de datos NCBI GenBank.

*Nota IMPORTANTE: bioRxiv Publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, orientar la práctica clínica o el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información sólida.