Primer informe sobre la recombinación natural del genoma del virus de la viruela símica

En un estudio reciente publicado en medRxiv* Servidor de preimpresión Los investigadores analizaron secuencias (MPXV) del virus de la viruela del mono (MPX) durante el brote actual de 2022 para verificar si MPXV se está adaptando para mejorar la supervivencia y la transmisión del virus entre humanos.

antecedentes

Un brote de MPXV en curso en 2022 representó la transmisión de MPXVA en áreas no endémicas fuera de las partes occidental y central de África. MPXV se detectó en el Reino Unido (UK) en mayo de 2022, y la cantidad de casos aumentó rápidamente a partir de entonces en Europa, Asia, África, Oceanía y las partes norte y sur de América.

Luego, el 23 de julio de 2022, la Organización Mundial de la Salud declaró a MPX una emergencia de salud pública internacional, y MPXV ha afectado a muchos países hasta ahora. Se informó que la mayoría de las secuencias virales obtenidas del brote MPXV en curso eran secuencias del clado B.1 MPXV. No hay datos sobre la recombinación natural de MPXV.

sobre estudiar

En este estudio, los investigadores analizaron 415 secuencias MPXV del clado B.1 del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) entre el 1 de enero y el 20 de julio de 2022 a nivel mundial mediante el estudio del desequilibrio de ligamiento. [LD, a single nucleotide variant (SNV)-based analysis] y repeticiones en tándem (TR), con un enfoque en la exploración de la variación genética de MPXV a través de la recombinación para identificar los riesgos potenciales de nuevas cepas de MPXV.

La recombinación de MPX se evaluó mediante el análisis de repeticiones en tándem (TR), y se realizó un análisis de LD para descubrir nuevas cepas de MPXV y recombinación viral en el genoma de MPXV que actualmente está en brote en 2022. Los grupos virales se clasificaron en seis grupos según sus TRN (TRN) con TRA/E. A continuación, se realizó el análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP).

consecuencias

Los resultados del análisis mostraron que la población de MPXV para el brote en curso en 2022 se dividió en cuatro, 11 cepas y un subgrupo, respectivamente, y cuatro cepas basadas en TR y CN (números de copias). Además, los resultados del análisis LD indicaron que MPXV evolucionó en tres nuevas cepas. El equipo identificó seis, uno y un MPXV recombinante nuevo de Eslovenia, Italia y Australia, respectivamente, mediante el análisis de TR, y dos y un MPXV recombinante nuevo de Alemania y España, respectivamente, mediante análisis de LD.

Se identificaron seis TR con números de copias variables, y 16 TR A/E tenían secuencias de pares de bases (pb) idénticas con TR invertidas en ambos extremos del genoma MPXV. En total, 378 (91%) y 14 (tres por ciento) incluyeron 7,9 y 16 casos, respectivamente, obtenidos de los Estados Unidos de América (EE. UU.), la República Checa y Bélgica.

Se detectó un caso con valores TRN de seis, cuatro y tres en el Reino Unido (UK). El equipo identificó 21 incompatibilidades con diferentes valores de TRN entre los TR E y A. Los resultados indicaron que la diversidad genética se puede clasificar en función de los polimorfismos de TR en los brotes actuales de MPXV. Se encontró que TR B, TR C, TR D y TR F eran repeticiones directas ubicadas en regiones intergénicas o TR 3′ (inverso). TR F y TR C consistían en 5′-TATGATGGA-3′ pb de secuencia única por triplicado, respectivamente.

Mientras que la mayoría de las secuencias virales contenían TRF (97 %, valor TRN de 3,5), el 51 % y el 48 % de las muestras virales contenían TR C, con valores TRN de 10 y 8, respectivamente. Según los fenotipos TR C/F, los grupos MPXV se pueden clasificar en cuatro cepas (M, U, I y cepas no clasificadas con 210, 193 y un caso, respectivamente.

Además, en combinación con TR A/E y TR C/F TRN, el equipo subdividió los grupos MPXV en 11 divisiones virales. TR D contenía la secuencia de nueve pb 5′-ATATCATT-3′ con una diferencia en CN y TRN que oscilaba entre 2,0 y 55, respectivamente. De interés, las secuencias virales con TRN D superiores (TRN superior a 30) también contenían más TRN A/E (20 casos con TRN superior a 16) en el grupo U, lo que indica una mayor diversidad de TR en la cepa U en comparación con otros linajes MPXV. .

Usando el polimorfismo TR, se identificaron ocho genomas MPXV con translocaciones virales recombinantes. El caso ON755039 (FVG-ITA-01) para Italia podría haberse originado a partir de las secuencias parentales M y del grupo I. El caso ON631963 (VIDRL01) en Australia provino de las secuencias virales del grupo parental U y M, al igual que seis casos de Eslovenia (ON631241, ON838178 y ON754986, ON754985, ON609725 y ON754987). Los resultados también indicaron que los seis casos de Eslovenia podrían haber dado lugar a la nueva cepa.

El análisis de LD mostró cinco pares de SNP ubicados en G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (ocho casos), G189246A/G148421A y G189246A/G34305A, con valores LOD altos (probabilidades logarítmicas, mayores que 10). LD. Los SNP G74357A/C22736T se detectaron en 28 casos MPX, incluidos 25 casos, 1 caso, 1 caso y 1 caso en Alemania, Austria, Portugal y el Reino Unido, respectivamente.

Se detectaron pares SNP de C188379T/G186153A en ocho casos en Alemania. Catorce casos en Canadá consistieron en SNP G148421A/G189246A/G34305A. Los resultados fueron indicativos de la evolución de MPXV en ≥3 nuevas cepas. Además, para los pares de SNP G5592A/G78031A y C25641T/C70777T, los límites superiores del intervalo de confianza (IC) del 95 % fueron 0,9 y 0,3, respectivamente, lo que indica fuertemente la recombinación MPXV. Los resultados indicaron que dos casos en Alemania (ON637939 y ON959149) y un caso en España (ON720849) en realidad adquirieron mutaciones por recombinación.

conclusión

En general, los resultados del estudio mostraron que los TR divergieron mucho durante la transmisión natural en el clado B.1 y que el genoma MPXV evoluciona y se expande rápidamente durante el brote actual de 2022. Además, junto con el monitoreo genético, los análisis LD y TR son técnicas valiosas. para monitorear y rastrear la dinámica de transporte de recombinación transcripcional MPXV.

*Nota IMPORTANTE

medRxiv publica informes científicos preliminares que no están sujetos a revisión por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica/comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información establecida.