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Casos de COVID-19 importados responsables de la propagación de variantes del SARS-CoV-2 en el Reino Unido y Brasil en Italia

Con más de 2.7 millones de muertes reportadas hasta la fecha, la epidemia de la enfermedad del nuevo coronavirus de 2019 (COVID-19) ha tenido un impacto enorme en el mundo. De los más de 117 millones de casos documentados hasta la fecha, se sabe que casi el 80% ocurrieron durante la segunda ola de la pandemia, entre septiembre de 2020 y marzo de 2021, con solo unos 25 millones asociados con la primera ola.

Una nueva versión inicial, lanzada en medRxiv* El servidor examina uno de los principales hallazgos de la segunda ola de infecciones por COVID-19: la rápida aparición de nuevos linajes y variantes del virus.

Variables de interés

Esto incluye las tres variantes de interés (VOC), que son B.1.1.7, B.1.351 y P.13. También se denominan variantes del Reino Unido, Sudáfrica y Brasil, respectivamente, debido al lugar donde se descubrieron por primera vez.

El primero se descubrió en el Reino Unido a finales de septiembre de 2021 y tiene 17 variantes genéticas en diferentes partes del genoma, incluido el gen puntiagudo. Algunos ajustes de elevación importantes incluyen la mutación y deleción N501Y en las posiciones 69 y 70.

Las variantes sudafricana y brasileña contienen la mutación N501Y, pero también contienen la mutación E484K.

En todos los casos, estos mostraron una mayor transmisibilidad, reemplazando los linajes antiguos en sus regiones originales y extendiéndose rápidamente a través de los continentes. El potencial de resistencia relativa a los anticuerpos producidos por cepas antiguas también es real, lo que podría permitir la reinfección y alejar el fin de la epidemia.

Esta resistencia también puede extenderse a los anticuerpos causados ​​por la vacuna. Estas razones hacen que sea imperativo monitorear con mucho cuidado la aparición de nuevas cepas de SARS-CoV-2.

Cierre en Italia

Los primeros casos de SARS-CoV-2 se notificaron en Italia en enero de 2020, y el brote progresó rápidamente a su punto máximo a fines de marzo, cuando se notificaron más de 6.500 casos diarios. En respuesta, Italia abrió el camino en Europa al implementar un bloqueo nacional el 9 de marzo de 2020, que duró nueve días.

La primera ola palidece frente a la segunda ola que golpeó en septiembre de 2020. Durante este período, hubo alrededor de 40,000 casos por día a mediados de noviembre de 2020. Al final de la primera semana de marzo de 2021, más de 3 millones de casos y más de En Italia se registraron 100.000 muertes.

Esto a pesar de la introducción de coloridas restricciones a la movilidad social. Con regiones asignadas a colores del amarillo al rojo, los viajeros entre estas regiones estaban sujetos a restricciones más estrictas.

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Estas barreras se incrementaron en toda Italia en previsión de las celebraciones de Navidad y Año Nuevo. Las escuelas y restaurantes también están cerrados desde el 21 de diciembre de 2020 hasta el 6 de enero de 2021. Un día antes de su entrada en vigencia, se han cerrado los vuelos entre Italia y el Reino Unido, y esto se ha extendido a Brasil también a partir del 16 de enero de 2020.

Detalles del estudio

El estudio actual tiene como objetivo explorar el papel desempeñado por los viajeros que importaron el virus del extranjero a la comunidad local, seguido de la propagación de la comunidad. El estudio incluyó más de 6.500 secuencias virales recolectadas entre el 29 de enero de 2020 y el 1 de marzo de 2021.

Los investigadores notan más de cien razas separadas, de las cuales la variante británica representa más de un tercio. Otras cepas que se encontraron en altas frecuencias incluyeron B 1.177 (24%), B1 (11%) y B 1.1.74 (5%).

Dado que la secuencia del genoma viral comenzó relativamente tarde, la mayoría de las cepas del norte de Italia provienen de la primera ola de la epidemia en Italia de marzo a mayo de 2020 y de enero a marzo de 2021, a diferencia de las del centro y sur de Italia.

¿Cuáles fueron los resultados?

Los resultados muestran que tanto B.1 como B.1.1.74 aparecieron a principios de 2020 en Italia, pero posteriormente fueron reemplazados por B.1.177 en la última parte del año. B.1 apareció en el norte, centro y sur de Italia durante un período de una semana del 20 de febrero de 2020 y el 24 de febrero de 2020, respectivamente.

Los niveles bajos de B.1.1.74 en las dos últimas regiones continuaron hasta el final del período de estudio, pero no en el norte de Italia después del 27 de mayo de 2020.

El linaje B.1.1.74 apareció el 13 de agosto de 2020 en el norte de Italia, seguido rápidamente por las otras dos regiones.

Inusualmente, se tomaron muestras de ciertas cepas en niveles excesivos en áreas específicas en ciertos días. En particular, se encontraron más de cien cepas B.1.177 en Campania, en el sur de Italia, en un solo día de octubre, y se encontraron 42 cepas B.1.1.187 en un solo día de junio.

Este último se encontró en otros lugares solo en 14 muestras del Reino Unido y una muestra japonesa, además de las 81 muestras italianas que se han secuenciado hasta ahora, y más de la mitad de ellas son del mismo día.

Compuestos orgánicos volátiles del Reino Unido

Entre los COV, la variante británica fue, con mucho, la predominante en la historia del estudio, el 8 de marzo de 2021, con más de 2.100 muestras, seguida de unas 110 de Brasil y solo ocho muestras de Sudáfrica de las tres regiones.

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La variante británica apareció en cinco días en las tres áreas. Los investigadores señalan que la variante británica parece haber sido introducida de forma independiente en el país por muchos viajeros, con las correspondientes cadenas de transporte dentro del país: cadenas de transporte extendidas.

Aproximadamente el 80% de estas fachadas se limitaron a áreas específicas. Una de estas especies constaba de más de cien muestras de individuos infectados, todos ellos del sur de Italia.

Una vez más, el 80% de los bloques restantes se distribuyeron en dos regiones, con solo uno presente en las tres regiones. En el último escenario, el 80% de la muestra de clados provino de una región y solo unos pocos de las otras dos regiones.

Seis grupos tenían una mezcla igual de regiones, como una serie de 35 infecciones, que comprenden 10, 12 y 13 del norte, centro y sur de Italia, respectivamente. “En particular, este es el único ejemplo de transmisión prolongada entre macrorregiones para este período de tiempo.. “

Brasil VOC

La secuencia de Brasil se descubrió en el centro de Italia el 7 de enero de 2021 en tres viajeros que habían regresado de Brasil. El siguiente aislamiento se produjo solo después de una pausa de dos semanas en el norte de Italia y después de otras tres semanas en el sur de Italia.

Las secuencias del 7 de enero eran distintas debido a la presencia de una única mutación sinónimo de T-> C en el polipéptido viral ORF1ab. Casi todas las secuencias P.1 de Italia formaron un solo clado, más diez de Alemania.

De estas 104 secuencias, otro 61 clado se formó con una mutación de altura sinónima adicional, mientras que 43 tenían una mutación de altura no sinónima S813N. A diferencia de los mutantes E484K y N501Y, este último no se encuentra en el dominio de unión al receptor (RBD) del pico, sino que se encuentra entre los péptidos de fusión.

La primera vez que se detectó esta mutación fue el 13 de enero de 2021 en el centro de Italia, mientras que la última hasta ahora fue el 1 de marzo. Aún no se ha encontrado en ningún espécimen en serie del norte de Italia.

Sudáfrica VOC

Solo se encontraron ocho secuencias pertenecientes al linaje B.1.351, con cinco dispersas en la escala secuencial global de interfaces. Esto confirma múltiples presentaciones independientes por parte de los viajeros. Sin embargo, también se descubrió que algunos de ellos eran parte de una cadena de transmisión local.

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¿Cuáles son los efectos?

Los investigadores notaron el patrón aparente de alta dominancia de la cepa B.1177 durante la segunda ola, mientras que recientemente, la variante del Reino Unido se está extendiendo rápidamente, convirtiéndose en la secuencia más común, que se obtuvo en más de la mitad de las muestras obtenidas durante enero. Febrero de 2021.

El bloqueo ha restringido la transmisión del virus entre las regiones central, sur y norte de Italia, pero no dentro de ella. Aunque la dirección de propagación es difícil de determinar, se introdujeron diferentes cepas en una semana en las tres regiones, lo que indica múltiples introducciones independientes.

Los COV en Sudáfrica no parecen haber demostrado su presencia en Italia todavía, pero los otros dos compuestos están mostrando transmisión social. Es probable que los COV en el Reino Unido pronto sean la cepa dominante al ritmo actual de propagación. Esto es consistente con su conocida transmisibilidad mejorada, que ya lo llevó a su dominio en varios países de Europa, como Dinamarca.

Curiosamente, los COV brasileños se encuentran con una frecuencia relativamente alta en Italia, solo superada por Brasil, de hecho. En particular, se secuenció por primera vez en Manaus, Brasil, en un área donde tres de cada cuatro residentes ya estaban infectados durante la primera ola. Esto indica que es resistente a los anticuerpos existentes y provoca una reinfección con el SARS-CoV-2.

Los resultados de este estudio sobre el COV de Brasil apuntan a una única introducción en Italia, con la comunidad activa extendiéndose a partir de entonces, y posiblemente incluso a Alemania. El hecho de que tanto los compuestos orgánicos volátiles en el Reino Unido como en Brasil hubieran ingresado antes del cierre de las fronteras internacionales con estos países demuestra la necesidad fundamental de lanzar una vacuna global rápida para contener la epidemia de manera efectiva.

Rápida aparición y sustitución de nuevas razas en Italia a pesar de las restricciones de bloqueo impuestas [suggests] Las políticas de manejo de enfermedades utilizadas fueron insuficientes para frenar la propagación de las variantes emergentes. “

*Nota IMPORTANTE

MedRxiv publica informes científicos primarios que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, que dirigen la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud, ni deben tratarse como información estática.